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直链淀粉含量是影响稻米蒸煮食味品质的重要指标之一。已有研究表明,直链淀粉的合成除了受主效基因Wx控制外,还受其他淀粉合成相关基因的调控。本研究从粳稻品种"武粳13"与半糯品种"关东194"杂交育成的水稻品系中,选择88份含有相同Wx等位基因Wx-mq的半糯品系为材料,分析不同亲本来源的可溶性淀粉合酶基因SSIIa和SSIIIa的基因型及其对直链淀粉含量的影响,探讨同一Wx-mq基因背景下直链淀粉含量变异的原因。88份半糯品系基因型检测结果,在SSIIa基因位点关东194基因型(SSIIamq)30份,武粳13基因型(SSIIab)58份;在SSIIIa基因位点关东194基因型(SSIIIamq)69份,武粳13基因型(SSIIIab)19份。两个基因的基因型检测结果,SSIIab-SSIIIab基因型1份、SSIIamq-SSIIIamq基因型12份、SSIIamq-SSIIIab基因型18份、SSIIab-SSIIIamq基因型57份。单个基因不同基因型直链淀粉含量的检测结果,SSIIamq型品种和SSIIab型品种的直链淀粉含量分别为9.08%和9.66%,SSIIIamq型品种和SSIIIab型品种的直链淀粉含量分别为9.57%和9.09%,基因型间直链淀粉含量的差异均达到极显著水平(P<0.01)。两个基因不同基因型直链淀粉含量的检测结果,基因型SSIIamq-SSIIIamq、SSIIamq-SSIIIab、SSIIab-SSIIIamq和SSIIab-SSIIIab的直链淀粉含量分别为9.15%、9.04%、9.67%和10.02%,基因型SSIIamq-SSIIIamq与SSIIamq-SSIIIab、SSIIab-SSIIIamq与SSIIab-SSIIIab以及SSIIamq-SSIIIamq与SSIIab-SSIIIamq间的直链淀粉含量差异不显著,其余基因型间均存在显著差异。说明SSIIa和SSIIIa基因对直链淀粉的合成均存在一定作用,来源于武粳13的SSIIab基因和来源关东194的SSIIIamq基因分别使直链淀粉含量增加0.58%和0.48%,两个基因间存在互作效应,直链淀粉含量最高的并非SSIIab-SSIIIamq基因型,而是SSIIab-SSIIIab基因型。本研究结果为水稻低直链淀粉含量育种的基因型选择提供了重要依据。