大熊猫(Ailuropoda Melanoleura)基因组已经测序并组装(AilMel_1.0),随后Ensembl和NCBI分别先后发布了AilMel_1.0的注释结果.他们的注释主要依据已注释物种的同源对比,而这些对比的物种大部分与大熊猫的亲缘关系较远,这就可能造成不完全的注释.为了补充注释大熊猫基因组,我们利用大熊猫大熊猫三个组织共5个样本转录组资料,分别使用TopHat、Cufflinks和Trinity完成对RNA-seq数据的初步组装,并结合从头预测和同源对比,重新注释大熊猫基因组.本研究共注释了23,887个基因,共计25,294个转录子,其中有3,382单外显子基因.在选择性剪接体方面,2.80％的基因有可变剪接亚型.在注释的转录子中,82.05％都包含起始、终止密码子,17.67％的转录子包含UTR区域,其中6.69％的转录子两端均含UTR.在证据源的支持上,47.37％的转录子被5个证据源支持,而被3种类型证据源支持的转录子也占了56,30％.被单个证据源支持的转录子仅占12.23％.在GO注释方面,AilMel ann共计注释16,664个转录子,共计112,720个条目.此外,将AilMel ann进一步与NCBI和Ensembl注释结果进行比较发现,大部分AilMel ann上注释基因结构与NCBI和Ensembl存在差异,其中最大差异来源于剪接形式上的差异.除此之外,AilMel ann注释了7,651个NCBI和Ensembl中未被注释的基因,其中4,962个基因在NCBI的NR库中存在相似序列.再将其余2,689个未被注释的基因与Pfam数据库进行比较,发现其中81个基因编码的蛋白质序列存在功能域,这部分基因可能是未被发现的新基因.