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硒代半胱氨酸插入序列是硒代半胱氨酸插入硒蛋白所必需的，它位于真核生物硒蛋白mRNA的3非翻译区。采用RNA折叠程序，在真核生物的31个硒蛋白基因的3非翻译区均发现1或2个可能的SECIS结构，它们都含有3段保守碱基AUGA-A（G/U）AA-GA。根据A（G/U）AA位于顶环或者位于顶环上游5臂的突环上，可半这些SECIS二级结构分为Ⅰ型和Ⅱ型两类结构。