目的:本世纪首次流感大流行的病原属于甲型H1N1流感病毒，在遗传特性和抗原等方面都有别于人群中流行多年的季节性H1N1流感病毒。为了深入了解病毒的遗传特性，跟踪病毒的演化趋势，及时发现具有流行病学意义的变异株，本研究对早期分离的甲型H1N1(2009)病毒的分子特性进行了详细分析。 方法:通过GenBank的流感资源中心下载相关毒株的基因组信息，序列分析采用DNAStar软件包的EditSeq和MegAlign比较与病毒致病性和宿主特异性相关的氨基酸变化情况。以A/Califomia/07/2009(H1N1)作为新甲型H1N1(2009)的代表株进行详细的分子特征分析。 结果:A/California/07/2009不具备高致病性流感病毒的分子特征；病毒编码的11个蛋白大部分保留有猪流感病毒的分子特征，同时也具有一些禽和人流感病毒的特征； PB1-F2在11aa，57aa和87aa后发生断裂，具有古典猪H1N1和人H1N1双重特点，这是甲型H1N1(2009)病毒一个特有的分子特征。 结论:首次详细分析了新甲型H1N1(2009)病毒的分子特征。随着病毒在人群中的进一步适应和持续存在，这些分子特征将发生变化，应该特别关注这些变化对病毒的传播力和致病性的影响。