本文就大秦铁路并购路局主业资产相关问题进行了探讨，分析企业合并后存在的不合理现象，针对企业所得税汇算清缴的困难，提出了两个解决策略:一是从企业会计准则入手，将同一控制下企业合并由权益结合法变为购买法;二是税收征管上进行灵活变通，将列入资本公积的公允价值与历史成本差异，在不低于10年的期限内平均调减企业所得税纳税，针对同一控制下整体资产转让存在的重复纳税问题，提出了建议国家税务总局能比照《关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》的精神，修改《关于转让企业产权不征营业税问题的批复》的相关规定，对同属流转税的营业税政策与增值税政策一致，只要是纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产、无形资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，均定义为不属于营业税的征税范围，其中涉及的不动产、无形资产等转让不征收营业税等对策。