对缺少参考基因组的非模式生物来说,转录组测序技术是预测miRNA靶基因的有效的方法。先前我们己从健康和腐皮病的海参血细胞中鉴定出差异表达的miRNA。但由于缺少海参参考基因组,鉴定这些差异表达的miRNA的靶基因是一项十分具有挑战性的任务。为全面研究这些miRNA的功能,我们应用Illumia Hiseq2000技术对均一化cDNA文库测序,共得到clean reads 91,098,474,约251,148 unigenes,平均长度约494bp,使用Blastx与NCBI的非冗余蛋白数据库(nr)比对结果得到52,680 unigenes约编码3,893个注释蛋白。同时,分别构建了来自健康和腐皮病海参样品的数字基因表达谱,差异表达分析共得到4,858个差异表达基因,包括2,163个上调表达和2,965个下调表达。最后通过计算机预测方法在这些差异表达基因中预测57个保守和8个新miRNA的靶基因,包括spu-miR-31和spu-miR-2008,得到732个unigenes作为候选靶基因。此研究为后续深入了解海参腐皮综合症发病机制及其诊疗提供指导。