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中国湖泊众多，富营养化进程加快，其中部分湖泊发生蓝藻爆发。“水华”、蓝藻爆发的含义有所不同，蓝藻爆发危害严重。富营养化湖泊蓝藻爆发程度不同，年年大爆发或爆发频次低，也有不爆发。其原因是湖泊蓝藻种源种群和生境等情况不同。经治理五里湖、西湖、玄武湖、洱海、太湖、东湖等湖泊湖湾取得消除或大幅度减轻监藻爆发的良好效果。总结治理经验，提出治理“三湖”总体思路：首先治理监藻爆发，最终建成健康的水生态系统；削减蓝藻数量与治理富营养化相结合；削减蓝藻数量大于蓝藻自然增殖量；各类工程技术措施和相应的保障措施科学结合和正确衔接。提出治理巢湖的12个要点。