柏孜克里克石窟的年代是一个极其复杂的问题,多年来引起同行们的关注与争论.它的断代可以从以下方面确定:从正视的角度观察,火焰山呈三角形,若从顶角向下引一条垂线,对应的是柏孜克里克石窟三处佛塔的中间一座(残),佛塔下垂直对应的便是18窟,这也是石窟寺正中位置,也是最重要的地方,因此,其开凿年代应该最早,之后,洞窟向两侧递增,年代相继渐晚.公元840年回鹘人从漠北南迁驱逐了吐蕃势力,建立了回鹘高昌王国.回鹘人最初信仰摩尼教,后归依于当地盛行的佛教,立刻进行了一次大规模的宗教改革.回鹘艺术伴随着宗教的发展走向了自己的辉煌时期,它建立在唐朝的基础之上,吸收了汉人的审美观念以及中亚文化的一些特征,扬弃了本民族的传统,创造了自己绚丽多彩的回鹘佛教艺术.从观念、内容的转变反映出一个王朝的兴衰,也是柏孜克里克石窟断代的一个重要依据.柏孜克里克成窟年代被后来的宗教改革打破了其年代的分布关系,同时,回鹘高昌的佛教也渗透了一些其它宗教的思想及文化内容,说明了吐鲁番是古代丝绸南路、北路的交汇点,是多种文化汇集之地,也同样说明了回鹘人自北向南的迁移过程中,继承与发展自身的同时,也接受外来文化的影响.所有这些都为丰富了柏孜克里石窟内容,也为其断代提供了可参考的依据.