化州柚（Citrus grandis‘Tomentosa’）和柚（Citrus grandis Osbeck）是中药化橘红的原料植物。化橘红是由其未成熟果实的外果皮加工而成的,具有治疗风寒咳嗽、健脾消食等功效。现代医学研究表明,化橘红中主要的活性成分是挥发油、黄酮类物质及多糖。化橘红中黄酮类物质柚皮苷和野漆树苷含量的高低是衡量其质量的标准,提高这些次生代谢物的含量是提高化橘红药材质量的有效途径。因此,采用高通量测序技术结合HPLC,分析化州柚中柚皮苷和野漆树苷合成调控相关基因的表达特性,可为进一步研发高质量化州柚品种和种植技术提供理论依据。化州柚‘黄龙’采自化州市林尘镇祥秀化橘红股份有限实业公司种植基地。2018年3月2日,选定1株树龄10年以上,同时存在盛开花和30d果龄嫩果的化州柚,在此植株上同时摘取花瓣、30 d果龄的幼果和20 d叶龄的嫩叶。化州柚中柚皮苷、野漆树苷、柚皮素和芹菜素含量采用HPLC法测定。基因表达特性采用Illumina HiSeq 4000平台进行转录组测序。结果表明:柚皮苷的含量在幼果中最高,为418.32 mg·g-1,是花瓣和嫩叶的6倍以上;野漆树苷的含量在嫩叶中最高,为57.70 mg·g-1,是花瓣和幼果的10倍以上;幼果中的柚皮素含量达2.73mg·g-1,花瓣和嫩叶中分别为0.34和0.98mg·g-1;花瓣和嫩果的芹菜素含量分别为0.76和0.41mg·g-1,嫩叶中达2.42 mg·g-1。化州柚3个不同组织转录组测序共获得31 215个基因,其中30 123个基因注释到基因组中,1092个为新转录本。基因差异表达分析发现在不同组织两两比对中（嫩叶vs幼果、嫩叶vs花瓣和花瓣vs幼果）分别有5 605、10 466和9 942个基因差异表达。KEGG富集分析表明,差异基因显著富集到代谢途径及次级代谢物的生物合成调控等途径。结合化州柚不同组织中4种次生代谢物含量及转录组基因表达特性对化州柚柚皮苷及野漆树苷生物合成通路的基因表达进行分析,其中CgCYP73A、CgCHI1和Cg1,2-Rhat等基因在幼果中显著上调表达。这些基因可能是调控化州柚中柚皮苷及野漆树苷合成的关键基因。