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公立高校政府投入模式是连接政府宏观调控政策与高等教育经费的桥梁。公立高校政府投入模式的优化目标在于，投入模式既能够满足弥补公立高校培养成本的需求，又能够发挥激励效率的作用。目前的"综合定额+专项补助"投入模式，存在着正、反两方面的效果。本文提出了以分学生层次、学科类别衡量培养成本的投入公式，公式中将普通高等学校质量评估结果作为绩效因子调节公立高校政府投入的效率。