方剂配伍的机理研究是中医药现代化研究的重要组成部分,对临证组方及中药新药的研制开发等均具有重要的指导意义.如何能够阐明方剂配伍的机理并使其研究成果符合中医药理论是该研究的关键问题.当前对方剂配伍的机理研究主要从理论研究、临床研究和实验研究三方面开展.理论研究和临床研究是在中医思维指导下开展方剂配伍机理研究的重要方法和模式,以上研究亦取得了很多成果.当前研究的主要难点在于如何使方剂配伍机理得以客观化的体现。近年来，虽然国内外进行了大量药效学、分子生物学以及血清药物化学等方面的研究，并取得了很大的成绩，然而随着研究的深入开展，越来越多的学者意识到完全运用这种还原论的方法研究方剂配伍机理，其成果不全具有普适性。如何在中医药理论的指导下，运用现代的研究方法和手段更客观地揭示方剂配伍机理，成为制约方剂现代研究的瓶颈。方剂配伍机理研究必须在中医思维模式的指导下进行，其研究方法和模式既要在传统中医药研究层次上有所发展，又要有别于国外天然药和植物药的研究方式。唯有在人类整体科技水平不断提高的同时，将中医药学与多学科有机结合，通过多学科、多角度的探索，才能日益接近方剂配伍机理的科学内核。