医疗侵权因果关系是民法因果关系的一个分支，解决医疗侵权因果关系问题离不开民法因果关系基本理论，但医疗侵权因果关系问题本身也有其自身的特殊性，如事实因果关系的复杂性，法律因果关系的多元性等，这些都是我们必须加以重视和解决的问题。因此，笔者提出对于事实因果关系认定应当回归科学本质，用科学方法解决，避免出现方法论的错误。但由于人类认识的有限理性，即使穷尽了目前最先进的科学方法，我们仍有可能对很多事实因果关系无法认定，此时我们为了在法的领域解决问题，必须放宽确定标准，从原来的100％确定放宽到合理相信。对法律因果关系而言，其目的是责任限制，是法政策问题，即判断法律因果关系的目的在于通过法律技术手段，在因果关系层面合理限制被告的责任范围，避免被告因事实因果关系的无限关联承担过重的赔偿责任。要实现这一目的需要两个层次，一层是合理截断因果关系链条；另一层是在截断的链条内寻找限制责任的理由，因此笔者认为要实现这一目的，须运用相当因果关系理论、原因力理论和超越因果关系理论对个案进行综合分析。