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由多主棒孢菌(Corynespora cassiicola)引起的橡胶树落叶病是橡胶树的一种重要病害。前期实验证明,海南省橡胶树落叶病菌的毒素蛋白主要属于Cas5亚型。然而,目前关于Cas5亚型病菌的全基因组序列未见报道,这限制了对其致病机理的研究。本试验利用Illumina Hiseq高通量测序平台和BGISEQ-500平台对CCHD5菌株(Cas5亚型)进行全基因组和转录组测序。基因组测序获得162个Scaffolds,总长度为46.2Mb,组装的scaffold N50长度2.5Mb、scaffold N90长度362.4Kb、gap为零、(G+C)%含量平均为51.07%,预测了14 953个基因、1 526 476个串联重复序列、41 976个外显子、27 023个内含子,其中对90.24%的基因进行了功能注释。转录组测序获得6.51Gb数据,组装并去冗余后得到7 580个Unigene,总长度为4 526 669bp、平均长度为597bp、N50为802bp,GC含量为63.82%。将所获得的Unigene与NR、NT、SwissProt、KOG、KEGG、GO和InterPro这7个公共数据库进行比对,结果发现,分别有4 372(57.68%)、846(1 1.16%)、2 214(29.21%)、2 568(33.88%)、2 690(35.49%)、2 026(26.73%)以及4 059(53.55%)条Unigene可在以上7个数据库中比对到;已注释的Unigene与KOG数据库比对后按功能可分为24类;根据GO功能可分为三大类43个分支;经过与KEGG数据库比对后发现,已注释的Unigene主要富集在2l条代谢通路中。使用Transdecoder检测出4 479 744个碱基,共编码6 600个CDS,检测出145个SSR分布于133个Unigene中。获得的基因组与转录组信息可为今后多主棒孢菌Cas5亚型的基因克隆及重要基因功能分析等研究提供基础数据。