采用ISSR技术，对安徽砀山酥梨自然保护区梨种质资源26个生物型基因组DNA进行分析，对合理利用与保护资源、加快梨育种进程有着很重要的意义。从45条引物中筛选出16条表现稳定的、适合梨树IssR分析的引物;建立了梨基因组DNA的ISSR优化的反应体系。利用5个引物扩增的特异带，可以区分开26个生物型中的11个生物型，利用8个引物扩增的谱带组合构建的指纹图谱，可以将26个生物型完全分开。运用筛选的16条引物，共扩增出清晰稳定的IsSR谱带174条，平均每条引物约11条，扩增片段大小为200～2000bp，其中150条为多态条带，平均多态性比率为86.2％，多态性最高的引物为Z01、Z04及Z25，高达100％，最低的是Z09，多态性为55.6％。与砀山酥梨相比，其8个营养系变异类型均出现了不同程度的变异谱带：锈酥13条，细皮酥30条，良梨早酥27条，扁酥27条，八怪酥12条，油皮酥14条，王酥21条，棱酥3条。说明ISSR标记可以用于梨树营养系变异。