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为揭示小麦自然分离群体茎秆强度变化，筛选相关标记的优异等位变异，本研究以来自不同生态区茎秆强度不同的126份小麦品种(系)组成的自然群体为研究材料，分别于2012、2013及2014年份测定茎秆强度值；以分布与21条染色体的242个SSR标记检测所有材料基因型，采用TASSLE软件的MLM模型检测与茎秆强度紧密关联的标记位点，发掘相关位点内的优异等位变异.关联分析表明，三个环境中共检测到42个标记位点与小麦茎秆强度显著相关，其中分布在小麦染色体2BS、2DL、4DS、5A、5BL、5DL、6BL和7DS上的标记位点在三种环境中均被检测到，可解释表型变异的5.77～18.47％；其中2BS(wmc83)、2DL(gwm539)、5A(barc358)、5BL(barc59)和6BL(barc134)5个标记位点三个环境下对表型的贡献率均达到8％以上，且2BS(wmc83)在三个环境下对表型的解释率均达到极显著水平(P＜0.01).对wmc83-2BS、wmc539-2DL、wmc48-4DS、bmc358-5A、barc59-5BL、barc322-5DL、barc134-6BL和barc352-7DS8个稳定检测到的标记位点进行优异等位变异分析，共发掘了15种对茎秆强度起增效效应的等位类型，其中wmc83-A110(0.02)、gwm5 39-A120(0.11)、wmc48-A122(0.14)、barc134-A194(0.40)和barc352-A234(0.92)等5个等位变异类型的增效效应相对较大，分别为0.8037、0.2600、0.3813、0.2743、0.4767.分析了增效等位类型在茎秆强度值差异较大品种中的分布情况，结果表明，随着茎秆强度增加，增效等位类型数量在增加.