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长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)一般长度大于200个核苷酸,这类RNA不翻译成蛋白质,而是以RNA的形式在多种层面上发挥生理功能[1-2]。近十年,lncRNA逐步成为生物研究中最为热门的分子之一。越来越多的研究显示,lncRNA与许多重要的基本生命过程相关,包括转录调控、胚胎发育、细胞生长、凋亡、分化等,同时也参与疾病的相关机制,尤其是肿瘤的调控[3-4]。长非编码RNA与蛋白质相互作用是其发挥生理功能的重要分子基础。检测长非编码RNA的相互作用蛋白对解析长非编码RNA的未知功能及其相关分子机制具有重要意义。然而,目前还缺乏简便、有效、准确的技术手段对细胞内的长非编码RNA与蛋白质相互作用进行高通量检测。本研究中我们通过结合RNA pulldown、SILAC稳定同位素标记、定量质谱分析和生物信息学分析等方法建立可用于高通量检测lncRNA与蛋白质相互作用的实验体系。我们针对长非编码RNA MALAT1展开研究,通过质谱分析发现了100多种新型的MALAT1相互作用蛋白,并通过数据库检索和生物信息学分析全面解析了MALAT1相关的生理过程,构建了MALAT1的相互作用蛋白网络,实验结果大大扩展了目前文献中已知的MALAT1相互作用蛋白数目。同时,我们还利用分子生物学和细胞生物学的技术手段对MALAT1的相互作用蛋白DBC1进行了验证和深入研究,在此研究的基础上提出了MALAT1通过调控DBC1和TP53活性进而调控肝癌增殖和凋亡的分子机制。本研究为了解MALAT1分子在肝癌发生发展过程中所参与的生理调控过程,进一步阐释其功能和分子调控机制提供了基础。同时该方法的建立也对其它lncRNA的相关机制研究具有广泛的应用价值。