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中医药理论是中医临床实践与理论长期相互作用的产物，是一种不断发展和进步的具有一定高度的指导性的文字。借鉴好中医药智慧对于高效、捷径发现中药治病的物质基础及以其为分子探针揭示新的药靶，了解小分子与生物大分子在生命体系的相互作用具有重要意义。本文分别用青蒿素的抗疟作用、麻黄素作为一种“拟肾上腺素”类药用物质、小檗碱具有抗菌消炎作用、Forskolin薄荷科植物能协助抗生素消灭泌尿系统感染等实例来介绍中药功效关联成分的研究情况。