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目的比较四种方法提取人粪便细菌基因组DNA的效果。肠道菌群与人体营养、饮食、肥胖等紧密相关。鉴于肠道菌群的重要性,研究人群肠道菌群的群落结构(如种类、数量、比例、定位和生物学特性等)无疑具有重要的意义。肠道菌群的研究方法主要有传统法和分子生物学的方法。传统法的培养法和镜鉴法主要用于早期肠道菌群方面的研究。目前,分子生物学技术检测粪便中细菌基因组DNA是探讨人肠道菌群的群落结构的重要方法。粪便成分复杂,含有大量多糖、胆酸等对人基因组DNA检测可产生抑制作用的成分,且粪便DNA绝大部分来源于肠道细菌,人源DNA含量很少。能否高效提取粪便中细菌基因组DNA成为影响探寻肠道菌群多样性和差异性的关键因素。本文采用四种不同方法提取人粪便细菌基因组DNA,并将产物的16S r DNA基因V3区进行扩增,对提取效率进行综合比较。方法收集30例健康受试者的粪便,采用改进的氯仿抽提法、改进的CTAB法、液氮冻融法及试剂盒法提取DNA,通过微量紫外分光光度计对总产量和纯度进行分析。并选择V3区配对的引物,PCR扩增细菌16S rD NA基因序列,比较不同方法提取人粪便基因组DNA效率的差异。结果采用改进的氯仿抽提法、改进的CTAB法、液氮冻融法提取和试剂盒法提取的DNA浓度分别为91.05±58.35 ng/μl、7.06±3.25 ng/μl、784±69.13 ng/μl、209.98±39.30 ng/μl(F=505.085,P<0.001)。采用改进的氯仿抽提法提取DNA样品60%扩增出条带,但扩增出的条带不清晰、且不整齐。采用改进的CTAB法提取的DNA样品30%扩增出条带,但扩增出的条带颜色暗淡。采用液氮冻融法提取的DNA样品90%扩增出条带,扩增出的条带清晰明亮,但有些有拖尾现象。采用粪便细菌基因组DNA提取试剂盒提取的DNA样品100%扩增出条带,可扩增清晰明亮的条带并无拖尾现象。改进的氯仿抽提法和改进的CTAB法提取粪便DNA产物成本较低,实验耗时较长。液氮冻融法提取粪便DNA前需要对粪便样品进行前处理清洗,所以操作所耗时间延长。而目前试剂盒提取方法是迄今为止最为快速方便的成熟提取DNA实验的方法,可在短时间内完成大批样本的处理,工作效率较高,但成本也相应提高。结论改进的氯仿抽提法、改进的CTAB法和液氮冻融法提取的肠道菌群基因组DNA产物其中依然含有杂质,PCR抑制物也随之增多;但经过改进的方法比以前的方法在浓度和纯度上有进一步提升。虽然可以满足对肠道菌群变性梯度凝胶电泳(DGGE)定量分析,但对后续产物测序有一定局限性。由于目前粪便提取基因组DNA试剂盒在提取产物纯度和质量上的稳定性,提高了粪便DNA提取效率的同时对肠道菌群DNA产物的测序工作奠定了研究基础。综上所述,我们建议各实验室可根据具体的实验要求和特点、经费支持情况、人力物力来合理选择粪便DNA提取方法。