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复杂系统在理论上分为物理系统、生物系统和社会系统，在实际中存在的复杂系统有以自然规律为运转核心的自然生态系统和以人类社会发展规律为运转核心的大社会物流系统。复杂系统需要从要素、构成、运行、进化与可持续发展等方面进行系统的模型化描述和运行系统仿真研究与结果验证，即系统仿真是把意识空间中对现实空间中的存在所建立的认识，影射到虚拟空间中进行描述和运行研究，是把复杂系统的系统认识模型化，是以功能单元为模型模块的划分依据，为复杂系统的组成要素/组分、要素/组分间结构关系、运行过程、系统与环境的输入输出建立相应模型，以描述系统将输入转化为输出的功能运行性实现与实现的可视化描述与研究。