小麦条锈病是由小麦条锈菌(Puccinia striiformis west.f.sp.tritici)引起的一种严重威胁小麦安全生产的重大流行性病害.云南省的气候环境和小麦生产使条锈菌的种群变异迅速、群体结构复杂,所以研究小麦条锈菌生理小种的组成十分重要,为云南省条锈病的防治提供依据.由于条锈病菌是严格的活体寄生菌,至今无法进行人工培养.传统的小麦条锈病生理小种鉴定方法是使用感病品种将单个病斑上的病菌孢子进行扩繁后,再接种到鉴别寄主上,根据鉴别寄主的反应判断生理小种.由于手续繁复,由需要较低的温度作为发病条件,因此,仅能对少量菌株进行鉴定.这在很大程度上限制了群体研究的系统性,利用分子标记则可有效克服这一弊端,可以快速地对大量样品进行分析,尤其是使用微量罹病样品进行DNA提取的技术建立以后.本研究利用6个小麦条锈病菌小种特异分子标记(条中33,条中32,条中31,条中29,条中23和水源型)分析云南省小麦主产区采集的785份罹难小麦条锈病的样品进行生理小种分析.结果表明：785份样品中,CYR33的检出率最高,为93.7％, CYRSU的检出率次之,为77.6％,较往年有上升趋势,而CYR31在所有的样品中均未检测到；从各地小种的检出情况看,在易门(YM-2)采集的小麦条锈菌样品中,CYR23的检出率最高,为81.7％,其余各地则CYR33检出率最高,其它生理小种在各地的检出率也不相同.在单个病斑上可以检出的两个或两个以上小麦条锈菌生理小种的样品数达708个,占样品总数的90.2％,而且从各地采集的小麦条锈菌样品看,采集自不同地方的小麦条锈菌的样品,单个病斑上小麦条锈菌群体的复杂度不同.