微生物肥料的生产应用首先要确保其安全性,它包括使用菌种和产品两个方面的安全.菌种的安全性通过毒理学试验进行评价,分为4个安全等级并列出了具体的菌种名录.产品安全性涉及其生产发酵过程的严格控制和载体与添加物质的加入,避免杂菌和重金属等有毒有害物污染产品,影响其安全性.新近颁布的标准<微生物肥料生物安全通用技术准则>(NY1109-2006)是进行微生物肥料的安全评价与监管的依据.微生物肥料生产需要使用菌种,菌种是微生物肥料(微生物接种剂)的核心,近十年来由于微生物肥料新品种的不断扩大,生产用菌种也由原来的十几种增加到目前的一百多种,涉及细菌、放线菌、真菌中的几十个属,随着微生物肥料行业的发展,生产用菌种的种类仍将不断增加.同时,作为吸附菌种用的载体种类也发生了很大变化,以往多数载体为草炭,而今随着产品种类的增多,诸如畜禽葺粪便、秸秆、甘蔗渣、棉籽壳、经过处理的城市垃圾、污水处理厂的污泥等等,也被企业用来进行生物有机肥的生产.因此,微生物肥料的安全问题显得尤为重要.