新型农村合作医疗制度是在新的历史条件下,结合现代社会保险理论和技术对旧农村合作医疗进行改造和重组,在形式和内容上适应社会主义市场经济体制、具有现代社会保障性质的新型农村医疗保障体制。从2007年以来,我国新型农村合作医疗制度从试点阶段开始步入全面推进阶段,也惠及越来越多的农民参保者。但从司法实践当中我们发现,新型农村合作医疗制度自身存在着一些问题,制约着该制度功能的充分发挥。实施过程中,这些问题也导致了纠纷的产生,而纠纷是否能妥善解决,也终将影响着新型农村合作医疗制度的健康发展。本文从一起实际案例切入,对新型农村合作医疗的性质以及新型农村合作医疗管理机构的性质、其所实施的行为的性质进行了分析,并从新型农村合作医疗保险报销权的救济角度,提出司法应介入对新型农村合作医疗制度实施中的相关纠纷的调整。同时结合当前新型农村合作医疗制度实施中存在的问题,提出了立法建议和司法介入的程序设计及障碍排除。要建设一个更高水平的、更全面的、发展平衡的小康社会,建立和完善农村新型合作医疗制度是重要的一环,依法妥善解决新型农村合作医疗制度实施中的纠纷,确保该制度实现更加公平的结果已刻不容缓。