粉红螺旋聚孢霉67-1产孢内参基因的筛选

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粉红螺旋聚孢霉(Clonostachys rosea,syn.Gliocladium roseum)是一类分布广泛的生防真菌,能够寄生核盘菌、灰霉病菌和丝核菌等多种植物病原真菌,具有巨大的生防潜力。粉红螺旋聚孢霉厚垣孢子抗逆性强,其产品货架期长、作用效果稳定。研究粉红螺旋聚孢霉产厚垣孢子相关基因对促进该类真菌厚垣孢子制剂研发和生防应用具有重要意义。为了准确定量相关基因的表达水平,筛选稳定的内参基因至关重要。本研究从粉红螺旋聚孢霉67-1基因组中克隆了9个常用管家基因一肌动蛋白(ACT)、延伸因子1(EF1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、泛素(UBQ)、泛素结合酶(UCE)、组氨酸(HIS)、RNA聚合酶II CTD磷酸酶Fcp1(RPP)、TATA结合蛋白(TBP)和琥珀酸-半醛脱氢酶(SSD),利用实时荧光定量PCR检测了这些基因在67-1产厚垣孢子和分生孢子培养基中的表达水平,并通过geNorm、NormFinder和BestKeeper三个内参分析软件分析9个管家基因的表达稳定性。荧光定量PCR检测表明,9个管家基因的Ct值为19.8629.69,可作为内参基因,其中HIS的Ct值最低,表达量最高;RPP的Ct值最高,表达量最低。NormFinder软件分析表明,SSD表达量最为稳定,其次是ACT和TBP,UBQ稳定性较差;BestKeeper软件分析表明,不同培养条件下表达量最为稳定的是SSD,其次是HIS和ACT,稳定性最差的是GAPDH;geNorm分析显示,ACT和HIS表达量最为稳定,其次是SSD,UBQ稳定性较差。应用geNorm软件中成对变异V值计算最适内参个数,V2/3=0.102<0.15,表明最适内参基因个数为2个。综合各软件分析计算结果,筛选出SSD和ACT组合作为内参基因进行67-1菌株产分生孢子和厚垣孢子差异表达基因的定量分析。本研究为粉红螺旋聚孢霉产孢基因研究奠定了基础,同时也为其他丝状真菌内参基因的筛选提供了参考。
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