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由米根霉(Rhizopus oryzae)引起的烘烤期烟叶霉烂病是一种侵染性真菌病害,通常造成部分叶片、叶柄发霉现象,严重影响着烟叶的产量与品质。了解烟叶感病与健康部位的真菌群落结构和多样性对指导该病害防治具有重要意义。本文采集烤后健康烟叶与完全感病烟叶样品,感病轻的发病部位与健康部位烟叶样品及感病重的发病部位与健康部位烟叶样品,采用Illumina高通量测序技术分析并比较了腐烂病感病与健康烟叶样品的真菌群落结构和多样性。结果表明:在门水平上,健康烟叶样品、感病重的发病部位与健康部位烟叶样品、感病轻的发病部位与健康部位烟叶样品优势菌门均为Ascomycota和Basidiomycota。完全感病烟叶样品在门水平上优势菌门为Ascomycota和Zygomycota。非优势真菌所占比例不到总真菌数量的1%,其在各样品间的含量不存在差异。在属水平上,对无病烟叶样品而言,健康烟叶样品、感病轻的健康部位烟叶样品、感病重的健康部位烟叶样品的优势真菌分布在Aspergillus、Alternaria、Rhodotorula和Acremonium属;其中,Aspergillus在健康烟叶样品中丰富度较高,Rhodotorula在感病轻烟叶的健康部位样品和感病重烟叶的健康部位样品中丰富度较高。健康烟叶样品真菌分布在182个属,感病轻烟叶的健康部位样品真菌分布在114个属,感病重烟叶的健康部位样品真菌分布在145个属,三者共有属为77个;其中,Psilocybe、Phialocephala、Skeletocutis等63个属真菌仅分布于健康烟叶样品,Hypoxylon、Meyerozyma、Paraphoma、Ustilaginoidea、Trichoderma、Hyphoderma、Phaeophleospora 7个属仅分布于感病轻烟叶的健康部位样品,Pseudeurotium、Conlarium、Setophaeosphaeria等21个属仅分布于感病重烟叶的健康部位样品。对感病烟叶样品而言,完全感病烟叶样品优势真菌为Aspergillus、penicillium和Rhizopus;感病轻的发病部位的烟叶样品优势真菌为Rhodotorula、Aspergillus、Alternaria;感病重的发病部位烟叶样品优势真菌为Aspergillus和Alternaria。完全感病烟叶样品真菌分布在62个属,感病轻烟叶的发病部位样品真菌分布在54个属,感病重烟叶的发病部位样品真菌分布属在26个属,3样品真菌共有属为22个,感病轻烟叶的发病部位独有属为0个。Wallemia、Peroneutypa、Pseudallescheria等21个属真菌仅分布于完全发病烟叶样品中。Ulocladium、Coprinellus、Umbilicaria等17个属真菌仅分布于感病重烟叶的发病部位样品。为此:烤后健康烟叶与感病烟叶样品在真菌多样性上存在差异,健康烟叶样品、感病轻烟叶的健康部位样品、感病重烟叶的健康部位样品、感病轻烟叶的发病部位样品、感病重烟叶的发病部位样品的优势真菌门均集中于Ascomycota和Basidiomycota。完全感病烟叶样品优势真菌门集中于Ascomycota和Zygomycota。健康烟叶样品优势真菌属分布于Aspergillus、Alternaria和Acremonium。感病轻烟叶的健康部位样品、感病重烟叶的健康部位样品的优势真菌属分布于Aspergillus、Alternaria和Rhodotorula,且Rhodotorula在感病轻烟叶的健康部位样品中含量较丰富。完全感病烟叶样品的优势真菌分布于Aspergillus、Penicillium和Rhizopus。感病轻烟叶的发病部位样品、感病重烟叶的发病部位样品优势真菌属分布于Aspergillus和Alternaria,且Alternaria相较Aspergillus含量低。