“藏象学说”可以说是中医的灵魂，然而却一直难以为现代医学所理解，从而难以促进中医现代化的实现。结合国际上关于肠道菌群的相关研究，以及我们实验室的大量实证性研究工作，我们意外发现有可能可以从人体与人体共生微生物菌群角度揭示中医“藏象学说”的物质基础，认为中医的“藏”可能对应于人体共生菌群尤其是肠道菌群、而中医的“象”则可能对应于人体本身，因此，中医“藏象学说”可以被理解为从人体和肠道菌群平衡的角度对于人体结构与功能进行合理解释的一种学说，在此基础上我们提出了“菌心说”学说，不仅支持中医“藏象学说”的学术观点，而且认为人体肠道菌群赋予人体饥饿感、驱动人体产生吃饭的动机，并影响甚至主导人的情感和欲望等情商相关问题，而人脑则主导人的智商。因而，从这个角度可以比较容易理解中医的“脏腑理论”中的几个关键问题，包括“脾胃不和”、“心与小肠相表里”、“肺与大肠相表里”等，结合“菌心说”学说来看，中医的“脾”、“心”、“肺”可能指的是胃、小肠、大肠中的人体共生微生物菌群，构成了“脏腑理论”中“脏”的部分内容，而“腑”的相应内容则分别与西医解剖结构“胃”、“小肠”、“大肠”相一致。在此基础上，可以合理推测穴位以及经络等中医的概念，有可能是中医的“藏”即西医的微生物群体通过人体的相应组织形成的特殊结构，既与神经系统相密切关联，同时又有其特殊的存在和运行通路即经络和脉络体系。一个健康的人体必须确保人体与人体共生微生物菌群的平衡，否则就会表现出亚健康和慢病等症状。为此，基于“菌心说”学说，从人菌平衡角度，有可能揭示中医“藏象学说”的物质基础，将为中医现代化找到关键的科学支点，也将为针灸、经络、穴位以及中药的研发与评价提供新的线索。