开展中外合作办学,争取校际合作的长效发展,在高等教育国际化潮流的今天地位越发明显.如何使各类实体的校际合作取得长效发展,须依赖具体的微观制度建设.本文以哈佛燕京学社为具体个案,根据耶鲁大学亚联董档案,分析校际合作中微观制度的设计与执行,燕京大学和哈佛大学围绕合作协议开展人才培养和学术研究，指向可持续发展的合作。合作方将合作定位于共同发展，共同追求知识，追求科学真理，而不是为了牟利或其他。合作后，哈佛燕京学社建立合理规范的各项制度，并严格执行。学校根据自己的实际情况制定发展计划，并根据计划进行评估，反思得失，及时修正。相关学校须向合作机构提交年度报告，合理评估前期合作成果。科学的评价是校际合作中的不可缺少环节，定期的评价可以检测合作各方是否偏离合作目标，是否遇到难题，以便及时解决。微观制度设计成为校际合作长效发展的关键所在。