棉花黄萎病是一种毁灭性病害,严重影响棉花产量和纤维品质.应用抗病品种是防治黄萎病最经济、有效的措施.目前,人们对棉花抗黄萎病机理的了解还不十分清楚,且现有栽培陆地棉中缺乏高抗抗源,因此棉花抗黄萎病育种进展较慢.棉花基因组庞大而复杂,深入挖掘棉花抗病基因、研究抗黄萎病机理对于棉花抗病遗传育种具有重要意义.全长cDNA是功能基因组学和比较基因组学研究的基础,也是基因克隆的重要方法之一,尤其适用于复杂基因组的非模式植物,它是目前发现新基因的重要工具.本研究利用高抗黄萎病的海岛棉Pima90-53为材料，采用无杂菌、全程可视化定量法接菌,构建了黄萎病菌诱导下的根部全长cDNA文库,并对其进行了质量鉴定和EST序列分析.结果表明,文库的重组率为92.3％,库容量为1.1×106Pfu.mL-1，平均插入片段约1.8kb,是一个高质量的。DNA文库。随机抽取50,000个克隆测序，获得46,192个高质量的EST序列。结果显示海岛棉Pima90-53中CYS,VPE,GPXs,NPRI,AOS和MPK4基因可以被黄萎病菌显著诱导,其表达量超出对照20-80倍;而MPK3,MPK18,RPPB,EREBP-like,Catalase,SERK1,EDSI,ADH,SAG和BAK基因同样受黄萎病菌诱导表达,表达量较对照超出2-6倍.此外,AOS,MPK4,CYS和RPP8基因的表达模式在抗病Pima90-53和感病中棉所8号中存在显著差异，这些基因在中棉所8号中的表达较在Pima90-53中表现出表达量低或者表达高峰出现偏迟。所有上述类别基因可能是构成棉花抗黄萎病的重要遗传基础。