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利用DNA标记(AFLP标记和SRAP标记)研究了11份芡、4份鸡王莲和1份克鲁兹王莲之间的亲缘关系，13对AFLP引物共产生490条条带，多态性条带447条(91.22％)；9对SRAP引物共产生162条条带，多态性条带151条(93.21％)；用UPGMA法建立的分子标记聚类树显示，克鲁兹王莲与其他材料(包括鸡王莲)差异很大.而鸡王莲与芡也有一定的差异。此外，对5份芡杂交材料的品质性状进行了检测.利用品质性状的数据进行聚类分析的结果表明，材料间的遗传距离很近，难以分辨相同种属不同材料的遗传关系和分类地位.