C3和C9是补体系统的重要组成成份,它们在补体系统活化、微生物病原清除和免疫自稳维持过程中发挥重要作用。克隆其cDNA,是进一步研究两分子功能的基础。本研究采用RT-PCR和RACE技术从圆口铜鱼(Coreius guichenoti)肝脏克隆得到补体C3和C9全长cDNA。C3全长为5165bp,其中,5’非编码区29bp,3’非编码区171bp,编码区4932bp,编码1646个氨基酸,该氨基酸序列与其他脊椎动物C3的同源性比较显示圆口铜鱼C3与鲤科鱼类的相似性最高,如:与草鱼(Ctenopharyn godonidella)补体C3相似性为84.4%,与鲤(Cyprinus carpio)C3-1,C3-2,C3-3的相似性分别为84.3%、79.8%和82%,分子聚类也显示圆口铜鱼补体C3与草鱼和鲤的聚为一簇。圆口铜鱼补体C3具有在功能上比较重要的残基和保守的硫脂区(GCGEQ)。圆口铜鱼补体C9全长2206bp,其中,5’非编码区25bp,3’非编码区96bp,编码区为2085bp,编码694个氨基酸,与其他脊椎动物C9的同源性分析显示:与草鱼的相似性最高(83.4%),与牙鲆(Fundulus heteroclitu)、虹鳟(Oncorhynchus mykiss)、东方鲀(Takifugu rubripes)、人(Homo sapiens)和鼠(Mus musculus)的相似性分别为47.0%、45.9%、35.8%、37.4%和36.3%。圆口铜鱼补体C9有3个保守结构域,分别为TSP1、LDL-A和MACPF。