【摘 要】
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本文综述了抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)的基本原理、技术路线、基本步骤、优缺点和在畜禽功能基因组研究中的应用情况.SSH是一种基于消减杂交、杂交二级动力学原理和抑制PCR的差异基因筛选方法,用于比较两组存在一定差别的mRNA.它通过消减杂交富集两组mRNA间存在差异表达的基因,并利用杂交二级动力学原理使表达丰度不同的基因均一化,通
【机 构】
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广东省农业科学院畜牧研究所,广州,510640 广东省农业科学院畜牧研究所,广州,510640;华
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本文综述了抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)的基本原理、技术路线、基本步骤、优缺点和在畜禽功能基因组研究中的应用情况.SSH是一种基于消减杂交、杂交二级动力学原理和抑制PCR的差异基因筛选方法,用于比较两组存在一定差别的mRNA.它通过消减杂交富集两组mRNA间存在差异表达的基因,并利用杂交二级动力学原理使表达丰度不同的基因均一化,通过两轮抑制PCR特异性地扩增和进一步富集差异表达基因.相比其它差异基因筛选方法,SSH具有速度快、效率高、假阳性率低、敏感程度高、实验结果复杂程度低的优点.
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基因分型错误已成为目前分子标记检测(如痕量样品分析、法医学鉴定)过程中愈发受到重视的问题.本文以微卫星DNA标汜检测为例,对分型错误的可能来源、错误发生率评价及其控制方案进行综述分析,为类似研究工作提供参考.
本文简介了几种遗传标记的特点,着重回顾了近年来分子标记在畜禽遗传资源保存和利用中的研究进展,包括:个体或品种鉴定、遗传图谱构建、功能基因定位、遗传标汜辅 助选择、分析动物起源与演化、分析遗传变异和亲缘关系、杂种优势预测等几个方面,这些研究可为资源保护及开发的实施提供理论依据.
PEG1在人和鼠上均为母系印记基因.本研究通过电子克隆及PCR扩增测序获得了该基因681bp的3非翻译区序列,该序列与人、小鼠PEG1基因的同源性为56.2％和69％.应用辐射杂种板对该基因进行了物理定位,结果将该基因定位于SSC18q13-21,与微卫星标记S0062紧密连锁(L0D=4.8).
通过对鸡催乳素基因编码区DNA序列分析,发现3个SNP.在五个鸡群中进行SSCP共发现7种单倍型,不同的单倍型有不同的密码子使用频率.结合44周龄产蛋量性状,发现不同单倍型的平均产蛋量存在显著差异.结合密码子使月频率分析,发现高频密码子的单倍型其产蛋量也相对高.ELISA检测结果也证实高频密码子个数越多的单倍型其激素水平越高.实验结果表明PRL基因密码子的使用频率是影响鸡产蛋量的重要因素.
利用PCR产物直接测序法,对五指山猪、滇南小耳猪、香猪、大白猪和梅山猪共60个样本的胰岛素样生长因子2基因5调控区部分片段的单核苷酸多态性进行了研究.结果找到10个SNP,分别是:C5872T、C5888T、A5976G、C6010T、T6029A、C6037T、C6043T、C6063T、C6112T和C6164T.所有位点均为二等位基因型,T6029A为T←→A碱基颠换,A5976G为A←→G
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以鹅血清总DNA为模板,设计引物对鹅脂蛋白脂酶(lipoprotein lipase,LPL)基因的第4至第6外显子区域进行扩增.测序结果表明,鹅LPL基因第4外显子到第6内含子的片段大小为3404bp,鹅LPL基因第4至6外显子序列与鸡LPL同源性达到91.9％,与人、羊、牛、猪等哺乳动物同源性在74％-77％之间.核酸进化树显示,鹅鸡较早地与哺乳类动物分化开来.分析了该区域编码氨基酸的亲水性、
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