两栖类作为首个登陆的物种,在脊椎动物的进化及其免疫系统进化中占有非常关键的位置。然而,目前两栖类基因组信息仅来自非洲爪蟾及其近亲种,这使得两栖类相关研究相对迟缓。基于数年来对分布于我国西南地区典型蛙种—大蹼铃蟾的研究,我们推测大蹼铃蟾可能比其他蛙类(包括对非洲爪蟾)具有更强的免疫系统,例如抗细菌、病毒的感染。因而,我们对大蹼铃蟾转录组进行了比较分析,发现大量高表达的皮肤特异性基因,以及调节性的非编码RNA,这可能是大蹼铃蟾具有较强环境适应性的重要原因之一。对其信号通路的比较分析发现,约占11％的蛋白编码基因与人类疾病的相关基因有很高同源性,这一现象同样发生在西部爪蟾中。进一步对其天然免疫和适应性免疫系统的相关通路及基因分析发现,大蹼铃蟾Toll样受体能够感知外源性细菌的刺激,而激活下游基因的表达,并在开放性系统(如皮肤,胃)中高表达；并首次证实两栖类中存在内源性抗感染NLR-inflammasome-caspase信号通路。同时发现大蹼铃蟾具有几乎与哺乳动物相对等的适应性免疫系统,并且具有多基因座表达的MHC,其相似度更接近于人。我们的工作,极大扩充了目前两栖类基因组和免疫研究的相关数据,为之后两栖类基因组功能注释及比较性研究提供很好的平台,并初步揭示了大蹼铃蟾环境适应性的遗传机制；相对于非洲爪蟾,大蹼铃蟾可以更好地作为脊椎动物比较免疫的研究模型。