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孙一奎的伤寒学术思想集中体现于《赤水玄珠·伤寒门》中,孙氏从理、法、方、药等方面阐发补充了仲景学说。其学术思想和贡献主要包括:论治伤寒,以"明证"为首务;阐发伤寒,援入儒易之理;拾遗补缺,充实四诊内容;扩充治法,重三焦命门元气;合法不执方,慎用寒燥淡渗;突破成规,创男子热入血室几个方面。