在社会日益开放的今天，公众讨论科学技术问题已经成为了常态。然而在我国，无论是讨论水电、核电、PX、垃圾焚烧还是转基因问题，观点对立的双方往往无法实现有效的交流和沟通，辩论和质疑往往变成了带有人身攻击性质的网络恶战。科普的目的是通过传播科学知识和科学思维方式，让具有不同观点的人群在某一科学问题上达成共识，而对抗显然不是达成共识的有效途径。科学精神的核心是实事求是，科普的原则是从科学事实和科学证据出发。然而，作为科普主体的人却是一种情感化和社会化的生物，完全理性的人是不存在的。在双方观点明显对立时，辩论中观点上的矫枉过正，态度上的过激情绪都在所难免，从而加剧了双方本来就存在的不信任感，使得沟通和交流更加成为不可能。如何建立有争议科学问题的沟通交流机制就成了当务之急。本文以作者自身的转基因科普为例，探讨了目前有争议科学技术的科普误区以及根源，并提出了为建立不同观点之间的沟通机制首先必须对科普态度必须进行纠正，尊重受众尊重科学科学事实，其次科普形式必须有所创新。同时，针对目前辩论双方无法就基本事实进行核实与确认，以致缺乏辩论的基本出发点等问题，提出了仿效科学共同体，以中国科普作协为核心建立“科普共同体”的建议。