由于瑶医挖掘整理较晚，瑶族医药发展同其它许多少数民族医药发展相似，存在医史文献缺失及挖掘整理不够、传承方式落后导致人才缺失和宝贵经验失传、标准体系仍未建立缺少统一的衡量标准、教育刚起步执业医师开考未批、瑶医行医仍未合法化等问题，瑶医的发展还有重重阻碍，许多问题急需解决。由于瑶族没有本民族的文字，医史文献缺乏，瑶医理论体系构建、医疗技法及医方验方的挖掘只能通过到瑶族民间实地调研，遍访民间老瑶医，通过挖掘整理才能完成.随着《执业医师法》的颁布，民间瑶医生合法化行医受到影响，许多民间医生放弃行医，使瑶族医药资源濒临流失和失传。为保存中华各少数民族医药资源，急需对瑶族医药资源进行保护。对民族医(药)师的职称评定，不再套用中医、西医的模式，而是根据实际情况制定相应的模式，注重对经验的考核。建立正规瑶医医疗机构，在为社会提供更好的服务平台的同时也为瑶族医药从业人员提供就业机会。指出瑶医药学不仅是一门医药学，更是涵盖了民族学、心理学、人类学、民俗学、考古学、宗教信仰、文化艺术等多个人文科学内容的自然学科。联合不同的学科对瑶医药进行研究，充分利用有限的人力、物力和财力，突出重点和主攻方向，有计划地开展所设计的内容和相关学科联合攻关，是传承瑶医药文化遗产的有效措施。