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主体功能区理论是我国为建设生态文明提出的区域发展新模式。工业文明时期的区域发展理论往往会将区域差异理解成为不同区域工业化程度不同的等级差异，工业化成为区域发展的单一模式。主体功能区理论则认为区域差异问题是复杂、多样的，除了有经济差异的因素外，还有自然差异的因素，主体功能区理论从农业空间、工业空间和生态空间三种空间功能平衡的思想出发，将国土空间规划为四大主体功能区，空间功能平衡思想是主体功能区理论的核心思想。生态文明视域下的区域发展，是建立在我国四大主体功能区自身主体功能的不同定位，所采取差异化，多样化、协调化的区域发展新模式。