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微生物相互作用(microbial interaction)是自然生态环境或人造环境的微生物生化过程的至关重要的实现方式。理解不同微生物间在生长过程中产生的物质交换(material exchange),可协助研究者理解不同菌种间的竞争或合作关系,有助于发现构建合理的微生物群落所需的关键环境因子。