以河南两熟制农田夏玉米土壤为研究对象，避开传统的纯培养方法，采用PCR-DGGE方法，研究了玉米四个生育期三个不同土壤深度的细菌群落变化特征。研究在对目的基因的PCR扩增方法进行优化的基础上，由于采用特殊的带有“GC夹板”结构的引物对16SrDNA V3区进行扩增。结果显示，降落式PCR方法在扩增中具有明显优势，不但提高了对目的产物扩增的特异性，同时也使产量得以提高。通过DGGE电泳对目的基因进行分离，分析了玉米苗期、抽雄期、灌浆期以及收获后不同深度上壤细菌的变化。 结果发现，玉米不同时期各个土层深度的细菌组成极其丰富，相互之间的相似性较低，而多样性较高，说明该类型农田土壤中细菌随着农作物的生长和土层深度层次的变化而不断地变化，揭示与其生长互利的细菌不断出现，得以增殖，而其它细菌则减少或消失。整体来说，细菌群落随着玉米的生长发育时期的变化要大于相同时期不同深度之间的变化，揭示夏玉米农田土壤细菌的变化受植被生长的影响较大，而土层深度对细菌群落组成的影响相对较小。