【摘 要】
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Many RNA editing factors are low-abundant transcripts in higher plant organelles.Modern transcriptomic sequencing (RNA-Seq) provides a powerful method to de
【机 构】
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Department of Biomedical informatics, Asia University, Taichung 41354, Taiwan
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Many RNA editing factors are low-abundant transcripts in higher plant organelles.Modern transcriptomic sequencing (RNA-Seq) provides a powerful method to detect the glimmering expression of these genes together.Here, we report the detection results of known RNA editing factors, including Multiple organellar RNA editing factors (MOEF), RNA-editing factor interacting protein 1 (RIP1) and numerous pentatricopeptide repeat (PPR) proteins, from Arabidopsis RNA-Seq datasets with two different de novo assemblers: Trinity and EBARDenovo.In the experiment,EBARDenovo was more accurate than Trinity and found more editing factors, such as the transcripts for MORF3 and MEF1 only found by the assembler EBARDenovo.
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