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洞穴的形成开始于几十万到几亿年前，洞穴内部环境以黑暗，营养和能量贫乏，氧气稀少，温度恒定等为特点。洞穴是一个相对封闭的空间，不易于人类的进入，因此是一个较为原生态的环境，是一个研究微生物资源的绝佳环境。本研究从云南九乡峡谷公园溶洞、阿庐古洞、建水燕子洞采集滴水、河底沉积物、石花和岩壁土壤样品共19份，选用13种培养基以探索该洞穴环境中的可培养放线菌多样性。从中共分离得到放线菌713株，挑选其中的144株作为代表性菌株，利用16S rRNA基因序列的系统发育分析研究了该地区放线菌的种群多样性。结果显示，这些放线菌分布于8个亚目、17个科、32个属，其中包括9个潜在新分类单元。本结果表明，洞穴环境中蕴藏着十分丰富的放线菌资源，具有巨大的潜在开发利用、价值。