家养动植物在人工强烈选择下经历了快速的形态和生理变化。在无诱变的情况下,DNA突变率是基本恒定的。这样就产生了一个问题：与自然物种相比,家养动植物如何在如此短暂的时间内有如此强烈的性状改变,这些改变的遗传和基因组基础是什么？同时,人们也早就注意到了一个现象,即同样的种子在不同的环境下表现的性状会有不同。随着表观遗传学的迅猛发展,人们已经知道,环境变化可以快速诱导物种的表观遗传状态改变,并已观测到很多可以隔代遗传的表观遗传案例。我们据此推测,表观遗传可能在家养动植物的快速进化中起到了作用。我们前期比较了野生稻-栽培稻、家蚕-野蚕的DNA甲基化组(methylome),发现了一批野生种和家养种之间甲基化程度显著差异的基因。同时我们也初步观察到了水稻在云南涛源超高产情况下基因表达格局的变化。目前我们正在把相关研究扩展到更多家养动植物,并计划深入研究那些表观遗传显著改变的基因对性状进化的作用。