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针对cDNA基因芯片数据分析中划格对提取基因芯片杂交荧光样点(spot)杂交强度信息的重要作用,提出了一种基于投影差分的cDNA基因芯片图像自动划格算法,采用NCBI的GEO数据库上GSE1073数据集中的60幅酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) cDNA基因芯片图像进行划格实验,验证了该算法的有效性。