发酵乳杆菌菌株及其肠道抗炎相关关键基因的系统发育和比较基因组学分析

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众研究证据表明,一些发酵乳杆菌菌株有助于溃疡性结肠炎(UC)的预防和治疗。本研究从中国不同地区人群粪便样品中分离到105株发酵乳杆菌,并对其基因组草图进行了测序。对菌株和4个模型菌株(L.fermentum 3872、CECT5716、IFO3956和VRI003)进行了全基因组和系统发育分析。系统发育分析表明,发酵乳杆菌的基因组与宿主的地理位置、性别、种族和年龄之间没有明显的适应性进化。选取3株发酵L.菌株(FWXBH115、FGDLZR121和FXJCJ61)和菌株CECT5716,从系统发育树的不同分支中筛选菌株,进一步研究其在葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导的结肠炎小鼠模型中的抗炎和免疫调节活性。L.FXJCJ61和CECT5716均通过降低结肠炎相关组织学指标、维持黏膜完整性、刺激短链脂肪酸(SCFAs)的补充来显著缓解UC,而其它2株菌未能提供类似的保护作用。L. FXJCJ61和CECT5716的抗炎机制与抑制因子kappa-B (NF-κB)信号通路激活和增强白细胞介素10 (IL-10)产生有关。通过对这些菌株的基因组比较分析,确定了可能有助于特定发酵L.菌株抗炎作用的候选基因。
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