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方剂是一个复杂科学体系，本文就目前方剂研究现状进行概括，分析了方剂研究中拆方研究模式、治法效应研究模式、组分配伍研究模式，方剂数据挖掘研究模式、类方研究模式的特点，提出以中医药方剂配伍理论及复杂性科学理论为指导，以现代生命科学领域适宜方法和技术手段为支撑，针对方刑配伍规律与效应物质基础研究的关键问题，以“配伍关系．生物效应一活性组分/成分辨识”为切入点，揭示方剂治疗作用的科学内涵。