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本研究选取对虾发病的三个时间点(放苗第70天、80天和85天),采集发病塘和健康塘水体及对虾样品,采用 16S rRNA 基因的高通量测序技术分析对虾养殖系统中微生物群落的动态演变。结果表明健康状态显著影响养殖体系内(对虾肠道)外(水体)环境细菌群落结构,但健康塘与发病塘细菌群落间差异随采样时间逐渐减小。对虾发病显著降低了养殖体系内外环境细菌群落α-多样性,加快了细菌周转速率。健康对虾肠道细菌种间关系更复杂,群落结构高度稳定,而病害对虾肠道菌群结构呈现多样性分化。选取了18个肠道细菌指示科,可较为准确的反映对虾健康状态。本研究结果为制定对虾养殖防御提供了理论基础,并对益生菌剂开发及病原菌监测具有重要意义。