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随着气象探测业务的发展,自动气象站已成为地面观测系统的重要组成部分和开展精细化预报所不可缺少的气象要素源.海岛自动气象站在实际运行过程中很容易遭受雷电的侵袭,洞头岛地处东南沿海属于国家基本站,全县范围各个岛屿分布着多个自动气象站.自动站反应出来的雷电电磁危害严重影响了探测环境,建站中对电磁兼容设计的忽略是造成雷害的主要原因.介绍了自动站现行数据传输和防雷与接地的电磁环境的雷击时存在的电感性藕合；雷击状态下接地环线的副作用等，通过案例分析，给出了尽可能将避雷针系统与风传感器部分分开设置，按照防雷规范保持两个系统间有效的距离；接地极尽量安置在观测场围栏外等海岛自动气象站防雷措施的改进。