本文首先分析了海峡两岸农业合作的传统模式和创新模式的成效以及存在的问题，其次指出未来两岸农业经济合作应逐步深入到制度合作和组织合作的重要层面。大陆应当充分借鉴台湾多年形成的相对完善的市场经济制度，特别是有关农业的推广体制和农产品的流通体制，来改造相对落后的农业制度；通过开展两岸农民合作组织之间的互访与交流，经济、技术与贸易合作以及合作组织制度创新与战略研讨活动进行横向和纵向合作。文章进而认为，建立更广泛深入的农业合作框架，这从根本上符合两岸经济发展的最大利益：第一，两岸农产品贸易依存度增强；第二，台湾面临被边缘化的巨大风险；第三，两岸建立农业合作框架所起到的效应要大于大陆和港澳的CEPA效应；第四，有利于带动两岸农业投资的发展；第五，有利于推动两岸农业科技交流与合作向纵深层次发展；第六，有利于减少两岸农产品走私，节约缉私费用。推进两岸建立深入的农业合作框架的初步思路为：第一，建立两岸民间商会、行业组织的农业合作协商机制。第二，应建立促进两岸农业合作制度化的民间或半官方研究机构，扮演政府与企业之间的桥梁和智囊团，类似香港的贸易发展局、香港总商会等机构。第三，可以考虑先建立闽台、浙台或粤台农业合作的新模式作为试点，积累经验，而后逐步开放。具体操作可以从现有农业合作试验区的细化着手，例如创建农业生物科技园区，对园区企业及其产品实行新优惠政策；建立“两岸农业合作中心”等。