临床上由猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)感染引起的相关疾病日益严重,流行毒株基因不断发生变异,为了了解我国PCV2流行毒株遗传变异情况,本试验对来自全国10个省份不同地区送检的90份病料中分离到19株PCV2流行毒株.通过病毒基因组克隆和测序,将19株病毒分为2个大基因群和3个亚群,基因组组成分别为1766nt、1767nt和1768nt,各占15.8％、73.7％和10.5％.以1767nt毒株为基准,其第39或1039位有1个碱基缺失后突变成1766nt毒株;第1040位有1个碱基插入后突变成1768nt毒株。对19株病毒ORF2编码的Cap蛋白分析发现,有4株病毒编码基因发生了突变,出现了705nt和708nt两种突变型,使ORF2编码的Cap蛋白C末端分别有1和2个氨基酸延伸.本试验选用AccⅠ和Fba Ⅰ内切酶对19株病毒基因组PCR产物进行了限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP),其结果可作为流行毒株分型鉴别手段。 研究表明,我国猪群中流行的PCV2以基因组1767nt毒株为主,但也出现了1766nt基因变异毒株。此外,试验也证实上述毒株的ORF2编码Cap蛋白的C末端有突变现象,表明我国PCV2流行毒株呈现多样性,本研究建立的PCR-RFLP方法可为PCV2流行毒株分型提供鉴别手段。