为分析河南省PEDV的遗传变异情况,本研究对2012～2015年检测出的具有代表性的16个PEDV阳性样品的S1、M和ORF3基因进行序列测定和遗传进化分析.结果表明:16株PEDV河南株的S1基因的变异情况基本一致,与2012～2014年国内PEDV基因Ⅲ群流行毒株相比同源性高,没有发生大的变异,同属于基因Ⅲ群.与韩国PEDV代表株亲缘关系较近(同源性94％左右),与日本PEDV代表株亲缘关系较远(同源性91％左右).与经典毒株CV777相比,在不同位点存在氨基酸的缺失与插入,同源性为92％左右;与中国现用的CV777疫苗株同源性为91％左右,亲缘关系较远.M和ORF3基因的进化树分析显示,M基因可分为4个群,河南PEDV流行毒株主要以基因3群为主,其中1株属于基因2群;ORF3基因分为3个群,2株毒株分布于基因2群,其余毒株属于基因3群,且当前河南PEDV主要流行株M基因和ORF3基因与2011年以后国内流行的大多数毒株同源性较高,与韩国毒株亲缘关系较近;与经典毒株和疫苗株相比,其M基因和ORF3基因发生了变异,临床出现或与疫苗株相似或与变异株相似的流行毒株.这些毒株S1、M和ORF3基因变异的生物学意义有待于进一步深入研究.