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甲型H1N1流感病毒是指感染人并通过人传播的猪源甲型流感病毒，是一种急性、高度接触性呼吸道传染病。HA蛋白在流感病毒分类以及流感病毒感染机体过程中起着关键的作用，研究表明，流感病毒感染机体是通过细胞的内吞作用以及随后的病毒胞膜与融酶体膜融合而发生的。本文首先对甲型H1N1流感病毒（H1N1A/California/08/2009）的HA蛋白与1918甲型HINI流感病毒（HINI/SC1918）的HA蛋白序列进行同源性分析，其次根据1918甲型H1N1流感病毒的HA蛋白的三维结构信息构建新甲型H1N1流感病毒的HA蛋白三维结构；之后根据3DDock的原理设计了对接计算程序SMDEA1.0构建的蛋白结构与抗体CR6261进行局部分子对接，并对其中合理的构象进行3ns分子动力学模拟优化获得最优构像；最后采用TINKER基础上改造的能量分析软件SMDEA1.0，对甲型H1N1流感病毒的HA蛋白与抗体CR6261的相互作用进行氨基酸残基成对偏好性（RP）以及溶液可及性面积分析。