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简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)是高等生物基因组的重要组成部分,基于PCR的SSR分子标记广泛用于遗传作图、基因标记与定位、DNA指纹和遗传进化分析。但是,PCR扩增出的SSR序列长度有限,因而对于全面了解SSR在基因组及染色体上的分布与进化具有很大的局限性。以SSR为探针的荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization,FISH)技术(SSR-FISH)的发展为解决这一问题提供了新的方法。本研究利用SSR-FISH技术,分析了SSR序列(GAA)7、(GTA)7和(TTA)7在普通小麦、大麦和玉米染色体上的分布,发现GTA、TTA在三个物种中都能检测出清晰的杂交信号,GAA仅在小麦和大麦中具有丰富的杂交信号,而在玉米中没有检测出明显的信号。在小麦中,GTA分布于小麦8对染色体(分别为1A、7A、2B～7B),TTA分在小麦7对染色体,两种序列均集中分布在近着丝粒区和部分染色体臂中间位置,以pAs1、GTA和GAA为探针的双色FISH和顺序FISH可识别除2A和3A外的小麦19对染色体。在大麦染色体中,GTA分布在除1H和7H外的其它5对染色体,且主要分布于着丝粒和端粒附近,有些染色体中部也有分布,GTA与GAA相结合的双色FISH可识别全部大麦染色体;TTA分布在大麦7对染色体,主要集中在着丝粒附近,可以用于大麦核型分析。在玉米中,GTA在玉米杂交种香糯二号中7条染色体上具有清晰的杂交信号,暗示育成香糯二号的两个亲本自交系间存在GTA序列的多态性,而TTA仅在2对玉米染色体上具有清晰的杂交信号,利用GTA和TTA进行的双色FISH可以识别6对玉米染色体。本研究还分析了GAA在水稻、高粱、多花黑麦草和鹅观草染色体的分布,发现GAA在鹅观草中能产生丰富且稳定的杂交信号,可以用于染色体核型分析,而在水稻、高粱和多花黑麦草中均未检测到明显的杂交信号,反映了SSR序列在不同物种中的分化。进一步利用更多SSR序列对小麦及其近缘物种染色体结构的比较作图分析正在进行中。